La fatturazione elettronica nel settore sanitario è un argomento in continua evoluzione, che ha subito diverse modifiche normative nel corso degli anni, soprattutto per quanto riguarda le prestazioni sanitarie rivolte ai consumatori finali (persone fisiche).

Di seguito riporto un riepilogo aggiornato della situazione, in continua evoluzione.

Proroga del divieto di fatturazione elettronica ai consumatori finali

Attualmente, come disposto nel D.L. n. 202/2024, c.d. Decreto Milleproroghe convertito con Legge n.15/2025, il divieto di emissione della fattura elettronica, per le prestazioni sanitarie rese a persone fisiche, è stato prorogato fino al 31 dicembre 2025.

La reiterata proroga è stata introdotta per tutelare la privacy e i dati sensibili dei pazienti e per rispondere alle preoccupazioni del Garante, riguardo al trattamento dei dati sensibili attraverso il Sistema di Interscambio (SdI) dell’agenzia delle entrate; pertanto gli operatori sanitari, per le prestazioni rese ai privati, devono continuare a fatturare utilizzando il documento cartaceo.

Anche in presenza del divieto di fatturazione elettronica però gli operatori sanitari, per alcune specifiche operazioni, di seguito elencate, devono comunque emettere e trasmettere allo SdI la fattura in formato elettronico.

Le operazioni, ad oggi soggette alla fatturazione elettronica, sono:

  1. le prestazioni sanitarie rese a soggetti titolari di partita Iva (un esempio di rapporto BtoB tra soggetti IVA è la fattura del collaboratore alla struttura sanitaria – risp. Interpello n. 78 del 19/03/2019);
  2. le prestazioni di carattere non sanitario rese a qualsiasi soggetto (ad esempio, la fatturazione del compenso per l’incarico di relatore ad un convegno);
  3. le cessioni di beni, a prescindere dal destinatario (es: la vendita di un bene strumentale);
  4. le prestazioni effettuate nei confronti della Pubblica Amministrazione.

Obbligo di fatturazione elettronica (dal 1° gennaio 2026 salvo ulteriori proroghe)

A partire dal 1° gennaio 2026, salvo ulteriori proroghe, entrerà in vigore l’obbligo di fatturazione elettronica anche per le prestazioni sanitarie eseguite a favore di persone fisiche;  a partire da detta data, quindi, le fatture saranno emesse in formato XML, con lettura automatizzata di tutti i dati riportati.

Questo significa che i professionisti e le strutture sanitarie, dal 1° gennaio 2026,  dovranno emettere le fatture in formato elettronico e inviarle, tramite il Sistema di Interscambio (SDI) dell’Agenzia delle Entrate, entro e non oltre 12 giorni dalla data di riferimento riportata nel documento.

Conservazione digitale

In premessa, occorre ricordare che i documenti informatici (tra cui rientrano le e-fatture xml) devono essere conservati rispettando sia le norme del codice civile sia le disposizioni del codice dell’amministrazione digitale. Le fatture elettroniche, quindi, saranno “archiviate” in modalità elettronica (unica conservazione consentita) per almeno 10 anni, secondo le regole stabilite dall’Amministrazione Digitale.

La conservazione a norma delle e-fatture può essere effettuata anche dall’agenzia delle entrate gratuitamente, se il contribuente aderisce preventivamente al servizio di “Conservazione”, offerto per tutti i documenti trasmessi allo SDI (sistema di interscambio), selezionando il link “Fatturazione elettronica” nella home page del portale “Fatture e Corrispettivi”. Il tema della corretta archiviazione delle fatture elettroniche è molto importante e bisogna prestare particolare attenzione perché, in ipotesi di mancata conservazione a norma di legge, considerando che la base imponibile iva sia stata comunque correttamente determinata e l’imposta versata, si applicherà la sanzione amministrativa, da euro 1.000 a euro 8.000, prevista per le violazioni formali.

Invio dei dati al Sistema Tessera Sanitaria

Indipendentemente dall’obbligo di fatturazione elettronica, i dati delle prestazioni sanitarie devono continuare ad essere inviati al Sistema Tessera Sanitaria (TS), secondo le ordinarie scadenze di seguito riepilogate.

Comunicazione al sistema tessera sanitaria STS – distinzione tra spese sanitarie e non sanitarie

Se una fattura contiene spese sia sanitarie sia non sanitarie, le prime devono essere classificate secondo le categorie previste dal sistema tessera sanitaria mentre quelle non sanitarie vanno indicate separatamente con il codice “AA” (altre spese); nell’impossibilità di effettuare detta distinzione, l’intera somma deve invece essere trasmessa con il codice “altre spese”.

Conclusioni

  • Fino al 31 dicembre 2025: si applica il divieto di fatturazione elettronica per le prestazioni sanitarie verso i consumatori finali.
  • Dal 1° gennaio 2026 (salvo proroghe): scatta obbligo di fatturazione elettronica anche per le prestazioni sanitarie verso i consumatori finali;
  • Continua, invece, l’impegno di invio dei dati al Sistema Tessera Sanitaria entro il 30 settembre (per il 1° semestre) e il 31 gennaio (per il 2° semestre) di ogni anno.

L’emissione delle fatture elettroniche, anche per le prestazioni sanitarie, richiederà agli operatori di dotarsi di strumenti digitali adeguati alle nuove normative, senza violare la tutela della privacy dei pazienti, prestando particolare attenzione all’obbligo di conservazione digitale dei sopra scritti documenti.

È importante tenere presente che la normativa è soggetta a possibili modifiche, quindi è consigliabile essere costantemente aggiornati.

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